Isso pode ser um bug na configuração 'stock' ao usar o mariadb em oposição ao mysql que ainda não foi eliminado, pois eu me lembro vagamente de ter encontrado algo parecido quando movi para o mariadb do mysql.
Você vai querer olhar em /etc/logrotate.d/mysql-server
para ver o que está sendo executado em postrotate. Você provavelmente terá algo assim:
test -x /usr/bin/mysqladmin || exit 0
if [ -f 'my_print_defaults --mysqld | grep -oP "pid-file=\K[^$]+"' ]; then
# If this fails, check debian.conf!
mysqladmin --defaults-file=/etc/mysql/debian.cnf flush-logs
fi
O Ubuntu provavelmente está procurando por lá, então tente dar uma olhada em /etc/mysql/debian.cnf
e ver o que está definido.