O que você quer pode ser facilmente alcançado.
Tudo o que você precisa fazer é criar um ponto de montagem para esse disco ( gparted é a ferramenta mais fácil para isso). Se você já tiver um ponto de montagem, a configuração dos diretórios pode ser feita com .config/user-dirs.dirs . Conteúdo completo:
# This file is written by xdg-user-dirs-update
# If you want to change or add directories, just edit the line you're
# interested in. All local changes will be retained on the next run
# Format is XDG_xxx_DIR="$HOME/yyy", where yyy is a shell-escaped
# homedir-relative path, or XDG_xxx_DIR="/yyy", where /yyy is an
# absolute path. No other format is supported.
#
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/Downloads"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/Templates"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/Public"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/Documents"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/Music"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/Pictures"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/Videos"
Altere $HOME para o ponto de montagem. Você pode usar /discworld/$HOME/Downloads , por exemplo, onde /discworld é o ponto de montagem.
Dica: mantenha uma cópia de user-dirs.dirs na sua partição para que você possa copiá-la / colá-la quando reinstalar o sistema.