Esta resposta assume que você está usando o sistema init padrão em 16.04, que é SystemD.
Empréstimo de guia SystemD da DigitalOcean , você pode desativar o autoboot nginx com isto:
sudo systemctl disable nginx.service
Isso deve desabilitar a inicialização automática do serviço durante a inicialização, como a funcionalidade update-rc.d
anterior fornecida. (Note que com SystemD, update-rc.d
não será tão útil)