Quando você abre o nautilus, um daemon permanece aberto e isso controla o plano de fundo. Então, uma vez que você iniciou o daemon nautilus, encontre o processo nautilus e mate-o, e então você poderá controlar seu background novamente.
Existem algumas correções permanentes aqui, mas nenhuma funcionou para mim: Como configurar o nautilus para --no-desktop via gconf . Uma solução seria abrir o nautilus com o -no-desktop, mas você teria que descobrir qual arquivo .desktop é apontado pelo seu painel.
A verdadeira correção foi: execute gsettings set org.gnome.desktop.background show-desktop-icons false
(encontrado aqui: link ).