Experimente o PDFChain, pdfsam ou o Master PDF Editor. Você pode instalar o PDFChain e o pdfsam do Gnome Software, ou você pode digitar em uma janela do Terminal:
sudo apt-get install pdfchain pdfsam
O Master Pdf Editor não está disponível no Gnome Software nem no antigo Ubuntu Software Center. Você pode baixar o pacote deb do site do proprietário e abrir / instalar esse pacote com gdebi, synaptic ou Gnome Software, ou você pode digitar em uma janela do Terminal:
wget http://get.code-industry.net/public/master-pdf-editor-3.6.30_amd64.deb
sudo dpkg -i master-pdf-editor-3.6.30_amd64.deb
sudo apt install -f
Para compará-los em termos de capacidades, isso é bastante subjetivo e depende do gosto do usuário pela GUI (interface gráfica). Eu pessoalmente acho que o Master PDF Editor é o editor de pdf mais completo que se pode encontrar no linux. É como o equivalente do Adobe Acrobat no Linux, menos alguns recursos secundários.