Entre muitas outras opções, o rsync pode alterar a permissão executando-o com a opção:
rsync [options] --chmod=CHMOD source destination
onde você também pode combinar a opção --archive
com a opção --no-owner
ou --no-perms
para excluir a preservação do proprietário resp. permissões. Para mais opções sobre configurações muito sutis para CHMOD, consulte a página de manual do rsync .