Meu entendimento pode estar desatualizado, mas a última vez que verifiquei o Linux presume que o relógio da BIOS está em UTC (por padrão), enquanto o Windows assume que está definido para a sua hora local.
Se você gostaria de dizer ao Ubuntu para usar a hora local, o que pode resolver seus problemas após inicializar o Windows, você precisará editar /etc/default/rcS
:
# Set UTC=yes if your hardware clock is set to UTC (GMT)
UTC=no
A alternativa é dizer ao Windows que o relógio do seu hardware está no UTC, mas não estou familiarizado com a forma como você faria isso.
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