É um bug do Qt 5.5.x
: link
Você terá que desativar a opção "Integrate video in interface"
em Tools -> Preferences -> Interface
até que seja corrigido.
Estou usando o Kubuntu 15.10 e recentemente atualizei a versão para a versão mais recente do backport. Mas logo após a atualização, o VLC começou a produzir resultados estranhos. O VLC está cortando o vídeo e o restante da área está apagado. Também o ponteiro do mouse fica invisível ao passar o mouse, o jogador ficou imprudente.
Como resolver esse problema?
Pode ser que a sua atualização tenha mudado a saída de vídeo do VLC ou tenha quebrado o que o VLC estava usando. Por sorte, há poucos que você pode tentar:
Tools->Preferences
(Se os menus estiverem ocultos por trás de um vídeo que ficou louco, pare a reprodução ou inicie o vlc no menu ou no terminal sem especificar um arquivo a ser reproduzido) Show settings: All
está selecionado. Video->Output modules
Video output module
.