Tente adicionar o seguinte à sua pré-configuração:
d-i parte-efi / non_efi_system booleano verdadeiro
Eu encontrei o mesmo problema com o Ubuntu Desktop 16.04.1 em um disco vazio, então eu ativei as opções de depuração, e vi no arquivo / var / log / installer / debug que o texto "Force UEFI Install" correspondia esse componente. Adicionando isso ao meu preseed automatizou esse passo para mim.