Você pode realmente fazer isso com a sox ferramenta de processamento de áudio de linha de comando. Para selecionar um único canal de um arquivo de entrada (para fins de demonstração, eu uso um arquivo wave) e gravá-lo em um novo arquivo wave, o efeito remix é usado:
sox stereo_inputfile.wav leftchannel.wav remix 1
sox stereo_inputfile.wav rightchannel.wav remix 2
Se você quiser saber mais, este site lista vários exemplos práticos sobre como usar sox para várias tarefas.