"Se eu mudar own_window_type para 'normal', ele terá transparência e não desaparecerá ao clicar na área de trabalho, mas será minimizado quando eu clicar no botão Mostrar área de trabalho e não recuperar (ainda em execução)."
Não minimize no Show Desktop
Usando o Compiz: Se o botão 'Mostrar área de trabalho' ou a associação de teclas minimizar o Conky junto com todas as outras janelas, inicie o gerenciador de configurações do Compiz, vá para "Opções gerais" e desmarque a opção "Ocultar Ignorar a opção Barra de Tarefas do Windows ".