Isso é um erro com o Nautilus. Consulte aqui -
Você pode ir para a janela aberta anteriormente, percorrendo o ícone Arquivo.
Estou usando o Ubuntu 14.04 LTS no meu notebook ASUS X552EA com inicialização dupla no Windows 10.
O problema que estou enfrentando é que sempre que eu clico no ícone "Arquivos" no menu de inicialização, ele abre uma nova janela 'Home' mesmo quando há outras janelas ativas.
Eu quero que ele mostre as janelas ativas para eu selecionar o que eu quero ver e pare de aparecer uma janela absolutamente nova.
Isso não acontece se já houver uma janela "Início" ativa. Sugira uma correção.
Outra solução alternativa: use a combinação Alt + TAB . Quando você vai para o ícone Arquivos através das janelas Alt + Tab, você poderá abrir sua pasta de trabalho.