Você pode esperar instalar qualquer coisa dos repositórios sem um problema sério. Com vários DE você às vezes tem o que são considerados problemas cosméticos, os quais você pode configurar.
Naturalmente, algumas pessoas acham esses problemas "cosméticos" mais ou menos irritantes, mas não impedem que os aplicativos ou o sistema funcionem.
Cada DE tende a ter um conjunto de aplicativos para edição, multimídia, etc., portanto, você terá aplicativos duplicados.
Todos os aplicativos básicos funcionarão em qualquer DE ou WM. O único conflito real é que você pode executar apenas um WM de cada vez (então você não pode rodar o kwin ao mesmo tempo que a unidade).
Se você tiver um problema, faça uma pergunta mais específica.