A versão que você compilou e instalou manualmente como realmente foi instalada em uma pasta local do sistema - /usr/local/lib/rhythmbox
- assim, quaisquer binários (executáveis) têm precedência sobre sua instalação v2.97 atual, que está em /usr/lib/rhythmbox
Para desinstalar sua versão local do sistema, você precisa executar a rotina de desinstalação da pasta que você extraiu, compilou e instalou inicialmente.
Por exemplo, digamos que você extraiu a v2.99 em ~/Downloads/rhythmbox-2.99
cd ~/Downloads/rhythmbox-2.99
sudo make uninstall
Isso removerá todos os rastros da versão local, deixando-o com a versão padrão do sistema do rhythmbox que ainda está instalada.
É seguro fazer isso, já que suas listas de reprodução locais são armazenadas em sua pasta pessoal na pasta ~/.local/share/rhythmbox
. Isso não é tocado ao instalar a versão mais recente do rhythmbox.