A partir dos exemplos que você forneceu, entendo que você quer dizer dados do aplicativo específicos para a configuração, o uso ou os dados de um usuário pertencente ao usuário (por exemplo, mensagens de e-mail, modelos, temas). Nesse caso, esses dados são armazenados no diretório base do usuário como "dot-files" ou dentro de um "diretório de pontos" específico do aplicativo.
Citando o padrão de hierarquia do sistema de arquivos Unix :
/ home: diretórios iniciais do usuário (opcional)
Propósito
/ home é um conceito bastante padrão, mas é claramente um sistema de arquivos específico do site. A configuração será diferente de host para host. Portanto, nenhum programa deve confiar nessa localização.
Requisitos
Arquivos de configuração específicos do usuário para aplicativos são armazenados no diretório pessoal do usuário em um arquivo que começa com o '.' personagem (um "arquivo de ponto"). Se um aplicativo precisar criar mais de um arquivo de ponto, ele deverá ser colocado em um subdiretório com um nome começando com '.' caractere, (um "diretório de pontos"). Neste caso, os arquivos de configuração não devem iniciar com o '.' personagem.
O padrão hierarquia do sistema de arquivos linux também declara quase a mesma coisa
Por exemplo, a configuração do usuário para o editor vim é armazenada em .vimrc dentro do diretório inicial, o perfil do firefox (contendo, entre outras coisas, os marcadores de usuários e informações do histórico) é armazenado em um diretório separado dentro do diretório home do usuário (~ / .mozilla / firefox / <randomstring>
.default)
Normalmente, todos os aplicativos armazenam informações sobre sessões iniciadas pelo usuário, senhas, etc., no diretório inicial do usuário em tais "arquivos de pontos / diretórios".
Então (extrapolando um bit), se você quiser apenas criptografia suficiente para proteger os dados específicos do usuário, bastará a criptografia do diretório inicial.
Dito isto, é possível, como com todas as coisas linux, personalizar e substituir a localização padrão e optar por armazenar esses dados de usuário específicos da aplicação em outro lugar. No entanto, no Ubuntu, isso precisa ser explicitamente feito pelo usuário.