Para instalar um novo tema, basta copiá-lo para ~/.local/share/themes
e ativá-lo usando a ferramenta Unity Tweak. A execução de update-alternatives
não será necessária.
Alguns temas estão disponíveis via PPAs. Numix por exemplo.
Os PPAs geralmente os instalam em /usr/share/themes
e /usr/share/icons/
, portanto, parece-me que sua pasta ~/icons
é criada por você
Além disso, os caminhos .$HOME/themes
e $HOME/icons
estão obsoletos e não serão lidos em versões futuras.