Para instalar um novo tema, basta copiá-lo para ~/.local/share/themes e ativá-lo usando a ferramenta Unity Tweak. A execução de update-alternatives não será necessária.
Alguns temas estão disponíveis via PPAs. Numix por exemplo.
Os PPAs geralmente os instalam em /usr/share/themes e /usr/share/icons/ , portanto, parece-me que sua pasta ~/icons é criada por você
Além disso, os caminhos .$HOME/themes e $HOME/icons estão obsoletos e não serão lidos em versões futuras.