Como o /usr/bin/sublime
já existe, mas há algum problema com ele, vamos eliminá-lo primeiro:
sudo rm /usr/bin/sublime
Em seguida, criaremos o link simbólico novamente:
sudo ln -s /opt/Sublime\ Text\ 2/sublime_text /usr/bin/sublime
Por fim, limparemos o cache de caminho apenas no caso:
hash -r
Agora você deve conseguir executar
sublime filename
ou
sudo sublime filename
sem problemas.