Reformate a unidade fat16 inteira, o USB deve estar na barra lateral da unidade (ou onde quer que você tenha ajustado), clique com o botão direito e reformate (Use o ubuntu, os formatos ubuntu geram 1.000 vezes a velocidade do windows, ponto final. )
Re-particione-o. (Use o ubuntu software center para encontrar facilmente vários particionadores linux)
Tente colocar todos os arquivos de volta no USB agora.
Esta é a maneira mais rápida de pensar em fazer um reformatado USB e um posfácio, partição.