Oi eu instalei recentemente o Ubuntu 13.04, eu trabalho por trás de um proxy e tem todos os tipos de complicações, autenticação, caractere especial na senha. Então eu usei para inserir as configurações de proxy no synaptic e usar. Mas no Ubuntu 13,04 - 64 bits, não consigo inserir os detalhes de autenticação. Consigo abrir a janela, mas não consigo inserir os detalhes.
Eu tenho o mesmo problema, também em 13.04 - 64 bits. No Ubuntu 12.10 - 64 bits, na mesma máquina, funcionou.
De qualquer forma, até que o problema seja resolvido, você pode editar manualmente seu arquivo conf para alterar os parâmetros do proxy para o Synaptic.
O arquivo é /root/.synaptic/synaptic.conf e você pode especificar o usuário e a senha no httpProxyUser e
httpProxyPass linhas
parece que você pode clicar com o botão direito- > colar seu nome de usuário e senha, mas não tenho certeza de que ele usará esse proxy de qualquer maneira.