rsync
pode fazer isso e também pode anexar automaticamente um registro de data e hora a seus arquivos de backup.
Você também pode colocar um comando rsync diretamente no cron. Como exemplo de backup diário:
@daily rsync -ab --suffix=_'date +%F' -R {server}:/var/wwww /home/backups/
(isto assume que você já pode acessar esta máquina e que / home / backups / exists e você também precisa mudar {server} para o sistema onde os arquivos estão)
Os links postados nos comentários usa isso como um exemplo, mas tem um resultado final de método melhor: um script de backup que você usa do cron.