rsync
é o que você precisa e deve estar disponível para o Windows.
O rsync é famoso por seu algoritmo de transferência delta, que reduz a quantidade de dados enviados pela rede enviando apenas a diferença entre os arquivos de origem e os arquivos existentes no destino. (tirada de man rsync
).
Instale o rsync em seu sistema Windows e, em seguida, no sistema Linux:
rsync --progress ip.of.windows.server:/path/to/file ./
Ele transferirá apenas as partes que foram alteradas. Se o arquivo evoluir como você diz, cada transferência será muito pequena e rápida.
Note que o rsync se conecta usando o ssh, então se você já tem o ssh configurado e funcionando, o rsync também deve funcionar bem.