Foi o que aconteceu:
O Wubi usa o gerenciador de inicialização do Windows para carregá-lo, mesmo que esteja em uma partição separada. Portanto, excluindo a partição do Windows, você excluiu o "ponteiro" que informa ao computador onde procurar a instalação do Wubi. Agora, com toda a honestidade, não sei muito sobre o Wubi (como exatamente é inicializado), então não posso lhe dizer as etapas exatas .
Há quase certamente uma maneira melhor de fazer isso. O Wubi armazena seu sistema operacional em um arquivo de disco rígido virtual. É possível que ele possa ser extraído para uma partição separada e inicializado. MAS isso é um pouco complexo e você pode se deparar com alguns problemas por causa da maneira como está configurado. Então, aqui está algo que você pode fazer:
Inicialize um LiveCD ou USB do Ubuntu com a mesma arquitetura (32 ou 64 bits) e a versão que o seu Wubi instala. (Eu suponho que você já saiba como fazer isso, mas apenas no caso de você não usar o LiveCD antes executar sudo gparted
para editar partições facilmente). Diga para procurar uma partição ou partições perdidas. Contanto que você não tenha escrito para o espaço onde estava, seus dados ainda estarão lá. Agora, você pode executar o Startup repair for Windows para restaurar automaticamente o setor de inicialização da partição e voila! Você deve poder inicializar sua instalação do Wubi mais uma vez.
Se você tiver gravado no espaço da partição, tente criar uma nova partição NTFS com o mesmo tamanho e dimensões da anterior e executando a recuperação de arquivos. Por exemplo:
Inicialize o CD de inicialização do Hiren e inicie a opção do Windows XP. Em seguida, instale o Recuva do Piriform e procure por C: \ boot.ini. Depois de copiá-lo para uma unidade flash, instale o Windows novamente e copie esse arquivo sobre o novo boot.ini. Você deve poder iniciar sua instalação do Wubi novamente.
Veja a wiki da comunidade Ubuntu sobre recuperação de dados para mais informações