Você está executando a edição gnome-fallback do GNOME 3 que se parece com o GNOME 2. Ele tem todos os softwares do GNOME 3 sem o shell interativo.
Então, gnome-session --version diz a versão correta.
Estou usando o Ubuntu 12.10 com o gnome-classic em vez do Unity. O que eu tenho é uma barra de "Applications, Places, ..." na parte superior e uma barra de tarefas na parte inferior. Agora, corrija-me se estiver errado, mas isso parece uma interface do Gnome 2 para mim. Até onde eu vi no site do gnome, o Gnome 3 parece um pouco diferente (barra de ícones à esquerda, lista de contatos na parte inferior, etc).
Então achei que tinha conseguido o Gnome 2. Mas um cheque diz que é o Gnome 3:
$ gnome-session --version
gnome-session 3.6.0
Então qual é esse? :)
Você está executando a edição gnome-fallback do GNOME 3 que se parece com o GNOME 2. Ele tem todos os softwares do GNOME 3 sem o shell interativo.
Então, gnome-session --version diz a versão correta.