Sim, todos os seus arquivos são completamente seguros quando você atualiza, apenas os arquivos do sistema Ubuntu serão alterados.
Mas faça um backup dos seus arquivos importantes para não perdê-los se a atualização falhar. Você deve sempre ter seus arquivos importantes de backup, não importa se está em um armazenamento em nuvem, usb-stick ou em um disco rígido, basta fazer o backup em algum lugar.