O próprio Linux não estará vulnerável, desde que você não faça algo bobo, como dar acesso a /.
O vinho, por outro lado, ainda é suscetível a vírus, já que é projetado para emular um ambiente Windows, no entanto, em muitos casos, é diferente o suficiente para que o código mais desagradável não tenha muito efeito.
Talvez instale o clam-av e use-o para garantir que sua / home e especialmente a pasta Cdrive permaneçam limpas.
Você provavelmente está muito seguro se não usar aplicativos de mídia social e internet do Windows - e você não precisa realmente porque há bons aplicativos disponíveis para o Ubuntu.