O problema acabou sendo Unity. A tecla Alt nua é a tecla "padrão para mostrar o HUD", e de alguma forma essa ligação foi ocasionalmente sufocando com acordes Alt no meu terminal. Veja como desativá-lo:
# install ccsm if you don't have it
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
# open the compiz settings
ccsm
Na janela que aparece, encontre o plugin "Unity" na seção "Desktop". O primeiro item lá é "Chave para mostrar o HUD", cujo padrão é "". Clique no botão "" e desmarque a caixa "Ativado". Feito!