Desde que você tenha instalado as dependências de compilação e seguido o guia exatamente, eu acho que você só precisa ter certeza você está no diretório edk2 quando você emite o comando build . Se você digitar o comando build quando estiver em qualquer outro diretório, receberá o erro recebido.
Além disso, o comando build só funcionará se você tiver executado edksetup.sh e editado os parâmetros de criação corretos em ~/src/edk2/Conf/target.txt (ou qualquer que seja seu caminho).
Aqui está a saída inicial do comando build quando executado a partir do diretório edk2 (com arquivos ajustados conforme o guia):
mik@Acer ~/src/edk2$ build
Build environment: Linux-3.2.0-32-generic-i686-with-Ubuntu-12.04-precise
Build start time: 00:45:15, Oct.22 2012
WORKSPACE = /home/mike/src/edk2
ECP_SOURCE = /home/mike/src/edk2/EdkCompatibilityPkg
EDK_SOURCE = /home/mike/src/edk2/EdkCompatibilityPkg
EFI_SOURCE = /home/mike/src/edk2/EdkCompatibilityPkg
EDK_TOOLS_PATH = /home/mike/src/edk2/BaseTools
Architecture(s) = IA32
Build target = DEBUG
Toolchain = GCC46
Active Platform = /home/mike/src/edk2/MdeModulePkg/MdeModulePkg.dsc
Processing meta-data ........... done!
Depois, compila tudo o que é necessário.