Abra um terminal com o atalho de teclado Ctrl-Alt-T e tente executar este comando para corrigir o problema:
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings close "['<Alt>F4']"
Esse comando definirá Alt-F4
como a ligação padrão para fechar a janela. Em seguida, você deve usar o Ctrl-W
regular para fechar as guias.
Após o comando, tente testá-lo. Espero que isso ajude