Você pode usar o Avidemux
O Avidemux é um editor de vídeo gratuito usado principalmente para cortes simples,
Filtragem e codificação de tarefas. Muitas vezes é apelidado como o VirtualDub para
Linux como ele pode fazer muitas coisas que o VirtualDub pode fazer. Suporta
muitos tipos de arquivos, incluindo avi, arquivos mpeg compatíveis com DVD, mp4, asf
e até mesmo o formato não tão comum de ogm e matroska.
Alguns dos recursos úteis do Avidemux incluem um simples WYSIWYG
interface, fácil conversão de um formato para outro, muito
efeitos de filtragem e capacidades de processamento de legendas incorporadas.
Fonte: USC
Você também pode usar o Editor de Vídeo Pitivi
Adicionando um Screencast / Video Clip no Pitivi
Para adicionar clipes de vídeo ao seu projeto do Pitivi, basta clicar em
IMPORT CLIPS e selecione o arquivo de vídeo apropriado. Nota: arquivo de vídeo
clipes também podem se relacionar com lançamentos de tela criados com
gtk-recordmydesktop. O editor de vídeo Pitivi aceita muitos
formatos de arquivo de clipe de vídeo.
Exemplos de formatos de arquivo aceitos:
- MPEG
- AVI
- MP4
- OGV (Ogg Theora Vorbis)
Fonte: link
Para adicionar o videoclipe à área do projeto, simplesmente clique e arraste o objeto para a área abaixo da Régua da Linha de Tempo. Citado de este site
Depois de importar o arquivo, adicioná-lo à linha do tempo e fazer sua edição, clique no botão de renderização e ele permitirá que você salve o arquivo como .flv.