TeX-live incluído no Ubuntu é muito antigo (versão 2009). Você deve instalar a versão mais recente de 2011 de aqui .
Isso inclui um gerenciador de pacotes TeX chamado tlmgr , que facilita a instalação de qualquer pacote da biblioteca CTAN extremamente . Você pode então instalar o pacote com tlmgr install chemfig .
Observe que chemfig usa o TikZ como seu back-end, mas tlmgr também deve cuidar de tais dependências para você.