Para remover programas instalados com a ferramenta Wine (neste caso, iTunes), Configure Wine ou Wine Software, o que quer que seja, execute o desinstalador. Ou entre em ~/.wine/drive_c/program files/...
(qualquer que seja o caminho para o iTunes) e execute seu próprio desinstalador.
Além disso, no futuro, você deve usar este site para determinar a compatibilidade de aplicativos com o Wine. Dessa forma, você não precisa lidar com a aprendizagem após o fato de que o software instalado não funcionará.