Não importa o quê, sempre faça backup dos seus dados. Se você alternar o sistema operacional e não tiver uma partição de dados separada, você perderá tudo o que estiver no seu disco, você terá que copiá-lo de volta após a instalação.
Então, o próximo passo é decidir como você gostaria que seu disco fosse particionado; como uma grande partição + uma área de troca, ou uma partição de dados separada para armazenar seus arquivos. Veja aqui para fazer isso