ok, eu posso fechar oficialmente este agora.
Acontece que o MTP do Android estava com defeito - ao transferir arquivos de e para um pendrive, a transferência estava boa, a transferência entre o telefone e o computador não, o que significava que o Android era o problema.
Desde que o coloquei, tentei executar o telefone no modo de transferência PTP, em vez de transferir MTP e, como por mágica, meus problemas desapareceram.
Para acessar esta opção, basta conectar o S4 ao computador e você deverá receber um pequeno ícone, informando que ele está conectado como um dispositivo de mídia, simplesmente puxe o menu para baixo, toque no ícone e mude para o modo PTP.
se a princípio você não tiver sucesso e todo aquele jazz.