A principal questão que o autor tem é aquela que desenvolvedores e usuários de ponta têm que enfrentar. Não me entenda mal, eu não gosto da equipe do Gnome quebrando a API com cada release pontual. No entanto, isso não significa que o Gnome e o Unity não podem ser personalizados, nem significa que seja inviável para o usuário comum fazê-lo. Enquanto no Ubuntu, sua versão do Gnome e do Unity permanecerão estáveis (há uma lista muito pequena de aplicativos que recebem grandes atualizações no meio dos ciclos de lançamento). Então, o pior cenário possível, suas customizações precisariam ser ajustadas quando você fizer uma atualização de versão (ou seja, vá de 12.04 a 12.10) e, mesmo assim, todas as extensões que você usar terão atualizações até esse momento.
O Gnome e o Unity ainda são muito personalizáveis e ambos possuem GUIs. Ubuntu-Tweak para Unity (e algumas das pilhas subjacentes) e Gnome-Tweak-Tool para a pilha do Gnome subjacente (o tema GTK, etc). (Aviso justo: há alguma sobreposição com os dois a partir de 12.10, devido a algumas coisas que o Ubuntu-Tweak removeu por algum motivo, então tenha cuidado com onde você muda os itens sobrepostos. Os temas do IE-GTK podem ser controlados em GTT, enquanto o tema do shell precisa ser alterado no UT.
Você também pode usar o CCSM para coisas como janelas instáveis, se você quiser. No entanto, o Unity configura um monte de suas próprias configurações, então você pode ter que lidar com a resolução de conflitos para mudar drasticamente o material do Compiz.
Além disso, o Unity pode ser estendido com as lentes , que podem adicionar um muita funcionalidade (eu absolutamente amo a lente da calculadora).
Em suma, isso depende em parte das personalizações que você deseja fazer. Para cores, tamanhos e certas partes, você pode personalizar bastante o conteúdo do seu coração, mas para algumas coisas, como a localização das barras superior e lateral, não há tanta disponibilidade.