Normalmente, esse símbolo significa um pixel / imagem ausente. Acho que a imagem do ícone do teclado ou os ícones de bandeiras do país estão faltando. Você pode instalar dconf-tool com sudo apt-get install dconf-tool , abrir dconf-editor e, em seguida, ir para org>gnome>libgnomekbd>indicator e desmarcar a opção show-flags , se estiver marcada. Faça o logout e faça o login novamente para ver se o ícone do teclado aparece lá.