Você provavelmente desejará definir as seguintes propriedades da seguinte forma:
own_window yes
own_window_colour 000000
own_window_hints undecorated,below,sticky,skip_taskbar,skip_pager
own_window_transparent yes
own_window_type override
Ele se integrará perfeitamente à sua área de trabalho. A única desvantagem é que ele fornecerá transparência "estática" e, portanto, ocultará todos os ícones da área de trabalho subjacentes.
Agora, se você tem um compositor, pode até ignorar esse pequeno problema usando esses valores de propriedade:
own_window yes
own_window_argb_visual true
own_window_argb_value 00000000
own_window_colour 000000
own_window_hints undecorated,below,sticky,skip_taskbar,skip_pager
own_window_transparent yes
own_window_type normal