O mesmo problema aqui, com o Ubuntu 12.04TLS amd64, em um AMD A10 com vídeo AMD Radeon HD6670 integrado e um monitor AOC de 23 "conectado via HDMI.
Eu tinha o mesmo monitor em um Ubuntu de 32 bits 12.04TLS em um CPU AMD muito mais antigo e sua placa de vídeo integrada, e a tela também fazia parte do painel, mas mudar as configurações de DTV no Catalyst Control Center resolveu as configurações eram permanentes.
A principal diferença que eu conheço é a alteração amd64 / 32bit, mas não tenho idéia de como isso pode explicar as configurações não mantidas no logout ou reinicialização.
SOLUÇÃO ENCONTRADA! veja link - > 5.2. HDTV underscan
Aqui está o que eu fiz com sucesso:
sudo aticonfig --initial
sudo aticonfig --set-pcs-val=MCIL,DigitalHDTVDefaultUnderscan,0
sudo reboot
aproveite