Você pode usar gnuplot
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É um utilitário de linha de comando e funciona bem.
Sobre o software: (de link )
O Gnuplot é um utilitário portátil de gráficos orientado por linha de comando para Linux, OS / 2, MS Windows, OSX, VMS e muitas outras plataformas. O código-fonte é protegido por direitos autorais, mas é distribuído gratuitamente (ou seja, você não precisa pagar por isso). Ele foi originalmente criado para permitir que cientistas e estudantes visualizem funções matemáticas e dados de forma interativa, mas cresceu para suportar muitos usos não interativos, como scripts na web. Ele também é usado como um mecanismo de plotagem por aplicativos de terceiros, como o Octave. O Gnuplot tem sido apoiado e está em desenvolvimento ativo desde 1986.
Instalação
sudo apt-get install gnuplot
Você terá que examinar os tutoriais para realizar as tarefas desejadas. É muito bem documentado e algumas buscas devem te dar o que você quer. Lembre-se que você tem que executá-lo a partir do terminal;) Não há nenhum ícone para clicar para iniciá-lo.