Eu tive exatamente o mesmo problema, entrei nas configurações e desativei a aceleração de hardware, depois disso você não terá linhas verdes irritantes. 
Instalei o VLC media player 2.2.0-pre2 Weatherwax (revisão 2.2.0-pre1-15-g5178b24). Quando estou no modo de exibição normal, há uma linha verde aleatória exibida na parte inferior, direita e esquerda.
Mesmo se eu estiver no modo de tela cheia, a linha verde ainda está sendo exibida. Eu costumava reproduzir vídeos em 720p e 1080p. Estou usando o gnome 14.04 LTS
Eu tive exatamente o mesmo problema, entrei nas configurações e desativei a aceleração de hardware, depois disso você não terá linhas verdes irritantes.