A restauração de /var/lib/mysql
pode ser feita colocando-se um backup. Se você não tiver um backup, você perdeu seu banco de dados. A única coisa que pode ser feita é reinstalar o servidor MySQL:
sudo apt-get --reinstall install mysql-server-5.1
FYI, a senha de root do MySQL é armazenada em /etc/mysql/debian.cnf
.