O que acontecerá é que você simplesmente preservará suas configurações e descobrirá que não perdeu nada.
Eu não tive sucesso com uma atualização do Natty, neste sentido: não consigo usar nada além de um tema do Metacity ("Ubuntu Classic (Sem efeitos)"). Então eu perdi todos os meus efeitos do Compiz, o mais valioso dos quais, para mim, era a ferramenta de layout de grade. Eu acho que o problema é confuso Radeon / ATI problemas de driver - fglrx estava morto na chegada com a atualização, e voltando para o driver genérico ATI me recebe Metacity mas não Compiz.
Agora estou pensando em preservar meu diretório / home e fazer uma instalação limpa do Natty na minha unidade do sistema. Unity funciona decentemente bem em um boot com drive USB - não que eu goste muito dele, mas eu quero dar uma boa chance. Presumivelmente, ele funcionará com uma instalação limpa.
Mas estou francamente preocupado com todos os arquivos de configuração do gnome e do X ocultos no meu diretório inicial restaurado. Quando eu plopar meu antigo homedir em uma nova instalação do sistema 11.04 com todos os meus pacotes antigos, o que vai acontecer?
(amd64, RV710 Radeon HD 4550, monitores duplos)
O que acontecerá é que você simplesmente preservará suas configurações e descobrirá que não perdeu nada.
Este método de usar o Linux é por design! Ao não formatar a partição / home e apenas montá-la durante a instalação, você está basicamente salvando todas as suas configurações: marcadores, senhas de sites, mudanças locais, lançador que você alterou e armazenou em sua casa, altas pontuações de jogos, etc.
Quaisquer configurações usadas para a versão antiga que está em conflito com a nova versão devem (!) ser tratadas pelo instalador e pela nova instalação.
A única caverna é que os programas que são removidos da instalação padrão (como o rhythmbox foi alterado para o Banshee) também mantêm suas configurações. Você precisa removê-los manualmente.