Essas são mensagens normais para se lidar com pacotes e, na verdade, estão lá para evitar que você tenha que executar ações. Sem esses gatilhos, você teria que fazer logout / login ou reinicializar para que algumas alterações sejam exibidas.
A razão pela qual eles estão lá é para dar a outras ferramentas uma chance de atualizar - por exemplo, a lista de aplicativos no painel de unidades precisaria ser atualizada para não mostrar os itens removidos recentemente. Existem outros gatilhos para man pages (documentação), bootloader grub (novas versões de kernel) e muitos outros.