Não é a JVM, é a falha do kit de ferramentas GUI. Um kit de ferramentas GUI é um conjunto de bibliotecas api + que permitem que os aplicativos sejam desenhados na tela, pense neles como uma coleção de widgets + um tempo de execução para eles.
O Eclipse usa o kit de ferramentas SWT, que se parece e se sente mais nativamente do que outros kits de ferramentas Java (Swing, etc). A explicação mais fácil para os perdidos é que a ligação globalmenu foi atualizada e o SWT não (ainda) foi atualizado para suportar.