Você instalou e usou o Gnome Tweak Tool?
Instale-o ao executar o terminal:
sudo apt-get install gnome-tweak-tool
Em seguida, execute-o pressionando o Win / Metakey e digitando "gnome-tweak-tool".
Selecione a guia "Tema" no lado esquerdo e deve haver uma opção para alterar o tema da janela por meio de um menu suspenso. Selecione e feche o programa. Você pode precisar sair e entrar novamente para ver os efeitos.
Se você não pode ver o seu tema Dark Adwaita no menu suspenso, talvez ele não tenha sido instalado corretamente.