Seria melhor executá-lo por meio de uma máquina virtual?
Esse seria meu método: manter as janelas em área restrita e fazer backups de suas VMs. Esses backups são fáceis de fazer e fáceis de automatizar. Além de uma cópia da VM e você tem 2 Windows.
Quando você se deparar com problemas (cryptolocker, vírus, etc) basta restaurar um backup limpo.
256GB é um SSD que eu diria? Se não ... tente substituí-lo por um SSD.