A coisa mais próxima que me vem à mente é criar scripts de shell, mas talvez haja uma opção melhor.
Existe alguma aplicação onde eu possa definir esses comandos e depois escolher entre eles e executar?
Eu criaria scripts de shells sim. Mas você também pode criar um site hospedado local em que você crie uma página com caixas de seleção e faça com que elas sejam executadas no servidor.
Com relação aos scripts de shell:
Você pode criar scripts de shell bastante elaborados. Dê uma olhada em Como posso criar um select menu em um script de shell? para um método de estilo "menu" usando "diálogo". "tasksel" é um script que é muito chique para a linha de comando e se parece com isso:
Você poderia criar algo assim e fazer com que cada uma dessas tarefas fosse selecionada e depois executada. Ou agrupe seus comandos se eles dependem um do outro (imagino que você precise iniciar o python manage.py o tempo todo e não como comandos separados).