Do que você disse que quer fazer, reordene a ordem de inicialização padrão, o melhor mecanismo para isso é renumerar / renomear os arquivos em /etc/grub.d para colocar a inicialização (Windows?) primeiro (30_os-prober para 06_os-prober por exemplo). Então o update-grub irá reescrever o grub.cfg da maneira que você quiser, e manterá essa ordem para cada atualização. A edição do grub.cfg diretamente não é recomendada porque é frequentemente reescrita pelas atualizações do kernel.
Agora você pode instalar o grub em um sistema de arquivos FAT, mas não durante a instalação do Ubuntu. Eu fiz isso uma vez quando eu limpei o MBR do Windows em um disco e não tinha como reinstalá-lo, então usei o grub para o bootloader, colocando o diretório de inicialização em uma pequena ferramenta FAT ou recuperando a partição do Windows. Note que eu não estava tentando fazer dual boot com esta configuração, então não precisei me preocupar com as atualizações do grub.cfg.
Não confunda como a instalação do Ubuntu limita o grub ao que o grub pode fazer se for executado manualmente. Instale o Ubuntu no seu ext4, aceite a instalação padrão do grub (arquivos MBR e grub em / boot / grub). Execute o Ubuntu e monte seu FAT em / mnt (assumindo sua descrição de FAT na segunda partição):
sudo mount -tvfat /dev/sda2 /mnt
Crie um diretório ali chamado boot
sudo mkdir /mnt/boot
Instale manualmente o grub na partição FAT:
sudo grub-install --boot-directory=/mnt
Seu grub install agora executa arquivos em sua partição FAT, e você pode editá-los no Windows. Cuidado com qualquer "lixo", como retornos de carro, que os editores do Windows podem colocar em seu arquivo grub.cfg (o Ubuntu e a maioria dos unixes usam apenas o avanço de linha como o terminador de linha). Atualizações de kernels no entanto farão com que as novas informações do grub sejam colocadas em /boot/grub/grub.cfg, então você precisará editar seu FAT grub.cfg, ou copiar o novo grub.cfg para FAT e editá-lo novamente ( ou o novo kernel não aparecerá no menu de inicialização).