Possível usar o utilitário dd :
dd if=FileC of=FileB bs=1 skip=$(stat -c %s FileA)
Veja man dd para detalhes.
Eu tenho 2 arquivos binários FileA e FileC
É assim que FileC = FileA + FileB usando o utilitário cat
Como faço para subtrair FileA de FileC para obter FileB ?
Possível usar o utilitário dd :
dd if=FileC of=FileB bs=1 skip=$(stat -c %s FileA)
Veja man dd para detalhes.