Você usa o gedit ?
Em caso afirmativo, desmarque as seguintes configurações em Editar | Preferências menu:
Salvamento de arquivos:
- Crie uma cópia de backup dos arquivos antes de salvar
- Arquivos salvos automaticamente em cada [] minutos
Isso desativará esses 'recursos de segurança' do editor. Talvez seja melhor mantê-los ativados e executar um script de pré-upload para limpar os arquivos indesejados (ou filtrá-los no cliente de sincronização).