No mundo Unix, se você quiser fazer algo, o caminho mais rápido é via linha de comando. Os programas e serviços são criados apenas para um propósito, para fazer o trabalho. Os servidores estão geralmente longe. Se alguém tiver uma conexão lenta, a GUI pode eliminar toda a conexão, mas o uso da linha de comando ou das páginas da Web pode resolver esse problema.
Além disso, se uma GUI for desenvolvida, ela poderá introduzir mais bugs e o software será imediatamente maior. Além disso, ele tem mais dependências (Qt, GTK, mono, vala, ...) e quando essas dependências mudam, ele pode introduzir ainda mais problemas.
Um gerenciamento baseado na Web é melhor, porque a página da web pode ser renderizada em qualquer navegador da web. O código é quase duas vezes menor que para uma GUI. Se você quiser gerenciar seu servidor local, basta abrir um navegador na área de trabalho e abrir o host local.
Se você quiser experimentar um ótimo gerenciador de servidores domésticos / pequenos negócios, tente ebox (zentyal) . Está no repositório oficial do Ubuntu. Ele configura tudo e é muito bom.